혼합물 상태인 유기물이 기체크로마토그래프에 의해 분리된 후 질량분석기 이온원의 전자에너지(70eV)에 의해 이온화되고, 이 때 생성된 이온은 사중극자에서 질량대 전하비(m/z)로 분리된다. 각 이온들의 상대 세기를 해석 및 Library를 탐색하여 분리된 물질의 화학적 구조, 분자량 등을 규명한다. 또한 SIM(Selective Ion Monitoring)을 사용하여 미지의 시료에 존재하는 특정 물질을 정량할 수 있다.