공초점 레이저 주사 현미경은 광축(optical axis)에 pinhole을 설치하여 시료를 통과하거나 시료에서 반사되는 광선 중 초점영역에서 발생한 광선만이 pinhole을 통과할 수 있게 함으로써 해상력을 극대화시키는 장비이다. 형광염색을 통해 표지된 분자와 구조물은 컴퓨터로 조절되는 초점위치에 따라 광학적인 절편 영상(optical section image)으로 얻어지므로 물리적인 절편 제작과정에서 발생하는 시편 변형을 제거할 수 있으며, 여러 장의 2차원 이미지로부터 3차원 이미지 재구성이 가능하다. TCS SP2 AOBS 기종은 glass-based dichroic mirror를 사용하는 기존 공초점 레이저 주사 현미경에 비해 약 30%정도 더 감도가 뛰어나다.
